キリト、ユージオ、アリス。二人の修剣士と一人の整合騎士が最高司祭・アドミニストレータを打ち破ってから半年が経った。
戦いを終え、故郷ルーリッド村で暮らすアリス。その隣には、親友を失い、自らも腕と心を失ったキリトの姿があった。彼を献身的に支えるアリスに、以前のような騎士としての心は残っていない。
「教えて、キリト……どうすればいいの……」
しかし、アンダーワールド全土を悲劇へと誘う《最終負荷実験》へのカウントダウンは、容赦なく進む。それと呼応するように、《ダークテリトリー》の深奥で、暗黒神ベクタが復活した。闇の軍勢を率い、《光の巫女》を手に入れるべく、《人界》へと侵攻を開始する。
《人界》軍を指揮する整合騎士ベルクーリらは、《ダークテリトリー》軍とのかつてない大戦争になることを決意する。だがその傍らに、いまだアリスは見当たらない。そして、《人界》を救った英雄二人の姿もーー。
『SAO』シリーズで最も長く、美しい戦い《アリシゼーション》編、その最終章がついに開幕!
「ここは……どこだ……？」
気づけばキリトは、なぜか壮大なファンタジーテイストの仮想世界にフルダイブしていた。ログイン直後の記憶があやふやなまま、手がかりを求めて辺りを彷徨う。そして、漆黒の巨木《ギガスシダー》のもとにたどり着いた彼は、一人の少年と出会う。
「僕の名前はユージオ。よろしくキリト君」
少年は仮想世界の住人――《NPC》にもかかわらず、人間と同じ《感情の豊かさ》を持ち合わせていた。ユージオと親交を深めながら、この世界からのログアウトを模索するキリト。そんな彼の脳裏に、ある記憶がよみがえる。それは、幼少期のキリトとユージオが野山を駆け回る想い出――本来、あるはずのない記憶。更にその想い出には、ユージオともう一人、金髪の髪を持つ少女の姿があった。
名前は、アリス。
絶対に忘れてはいけないはずの、大切な名前――。
《SAO》事件から一年が経ったある日、キリトは、総務省《仮想課》の菊岡誠二郎から奇妙な依頼を受ける。それは、銃と鋼鉄のVRMMO 《ガンゲイル・オンライン（GGO）》で突如発生した怪現象《死銃（デス・ガン）》事件の捜査であった。
漆黒の銃を持つ謎のアバターに撃たれた プレイヤーは、実際に現実世界でも《死》に至る……。その不気味な事件の捜査を断りきれなかったキリトは、《仮想世界》が《現実世界》へ 物理的に影響を及ぼすことに疑いを抱きつつも、《GGO》へとログインする。
《死銃》の手がかりを掴むべく、不慣れなゲーム内を彷徨うキリト。 そんな彼に救いの手を差し伸べたのは、長大なライフル《ヘカートⅡ》を愛用するスナイパーの少女・シノンだった。
彼女の力を借りたキリトは、自らがターゲットとなって《死銃》との接触を試みるべく、全ガンナーの頂点たる対人トーナメント 《バレット・オブ・バレッツ》に挑む……。
2022年。人類はついに完全なる仮想空間を実現した。VRMMORPG（仮想大規模オンラインロールプレイングゲーム）《ソードアート・オンライン》の プレイヤーの一人であるキリト。SAOの世界を満喫していた彼は、ログインした他の1万人のプレイヤーと共にゲームマスターから恐るべき託宣を聞かされる。
それは、ゲームをクリアすることだけが、この世界から脱出する唯一の方法であること。そして、このゲーム内でゲームオーバーは、現実世界での“死”を意味すること。 それが、このゲームの恐るべき全貌であった。
キリトは、いち早くこのMMOの“真実”を受け入れ、パーティーを組まないソロプレイヤーとして、終わりの見えない死闘に身を投じていく……。
2022年。天才プログラマー・茅場晶彦が開発した世界初のフルダイブ専用デバイス≪ナーヴギア≫――その革新的マシンはVR(仮想現実)世界に無限の可能性をもたらした。
それから4年……。≪ナーヴギア≫の後継VRマシン≪アミュスフィア≫に対抗するように、一つの次世代ウェアラブル・マルチデバイスが発売された。
≪オーグマー≫。フルダイブ機能を排除した代わりに、AR(拡張現実)機能を最大限に広げた最先端マシン。≪オーグマー≫は覚醒状態で使用することが出来る安全性と利便性から瞬く間にユーザーへ広がっていった。
その爆発的な広がりを牽引したのは、≪オーディナル・スケール(OS)≫と呼ばれる≪オーグマー≫専用ARMMO RPGだった。アスナたちもプレイするそのゲームに、キリトも参戦しようとするが……。
クジラが見たいというユイのために《ALO》での水中クエストに挑むことになったキリトたち。しかしここで驚愕の事実が。
意外にもリーファ……直葉は水が苦手だったのだ。アスナたち女性陣は、現実世界のプールで直葉の水泳特訓をすることに。
一方同じ頃、キリトはある人物と対面していた――。
銃と鋼鉄の世界《ガンゲイル・オンライン》でソロプレイを満喫している女性プレイヤー・レン。可愛いものが大好きな彼女は全身をピンクの装備で統一し、コツコツと地道にプレイを重ね、実力をつけていた。そしてとあることからPK――プレイヤー狩りの面白さに目覚めたレンはPKにのめり込み、ついには「ピンクの悪魔」と呼ばれるまでになる。
そんなレンは美人でミステリアスなプレイヤー・ピトフーイと出会い、意気投合。彼女に言われるがまま、チーム戦イベント《スクワッド・ジャム》に参加することになる。
