TV版のもう一つの結末として描かれた劇場版完結編。 TV版の第弐拾伍話と最終話のリメイク作にあたる2話で構成。 第25話「Air」人為的なサードインパクトに失敗したゼーレはネルフに攻撃を仕掛けてきた。 絶望的状況の中、母の存在、自己の存在を確認したアスカが復活、反撃を開始。 しかし、天空より新たな敵が舞い降りてきた。 第26話「まごころを、君に」初号機に搭乗したシンジの見たモノは、無惨な残骸となったアスカの弐号機だった。 量産機が初号機を取り巻き、厳粛なる儀式を執り行う。 ヒトの心の補完とは、一体何なのか。
西暦2000年、南極大陸で行われた実験は、人類に壊滅的打撃を与えた。 このカタストロフィを、人々はセカンド・インパクトと呼んだ。 地球の地軸はねじ曲がり、世界人口は激減した。 それから15年後、人類は再び試練の時を迎える。 “使徒”と呼称される謎の巨大物体の出現、その使徒に対抗すべく暗躍する、特務機関ネルフ。 その戦いの中心となったのは14歳の少年、碇シンジ。 彼は、不安、不信、恐怖、怒り、そして果てしなき戦いの後に、孤独と絶望を知る。
西暦2015年。第3新東京市に、さまざまな特殊能力を持つ“使徒"が襲来した。 主人公・碇シンジは、人類が“使徒"に対抗する唯一の手段であるヒト型決戦兵器エヴァンゲリオンの操縦者に抜擢されてしまう。 今、人類の命運を掛けた戦いの火蓋が切って落とされる。 果たして“使徒”の正体とは? 少年たちと人類の運命は?
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