八神太一ら「選ばれし子どもたち」が異世界・デジタルワールドへ渡ったあの夏の冒険から６年。そして、八神ヒカリたちとベリアルヴァンデモンとの最後の戦いから３年の月日が流れようとしていた。平穏な毎日が続くなか、いつの間にか閉じてしまったデジタルワールドへのゲート。選ばれし子どもたちにもその原因は分からぬまま、時間だけが過ぎ去っていく―― そんなある日、突如としてお台場の街にクワガーモンが出現。その暴走により街は破壊され、人々は大混乱に陥る。クワガーモンを偶然見かけた太一は、その暴走を止めるために単身その姿を追いかけるのだった。 しかし、クワガーモンと対峙するも、どうすることも出来ない太一。 「だめだ…俺一人じゃ、なにもできない…」咆哮とともにクワガーモンが太一に襲いかかったその瞬間、デジヴァイスが大きな光を放ち始めた―― 「太一、でっかくなったなーっ！」 懐かしいあの声とともに、物語は再び大きく動き始める。 八神太一、17歳、高校生。今、再び 冒険が進化する―
アルファモンが出現してから時は流れ、お台場の街は少しずつ復興が進んでいた。 「日本に帰ったら、絶対大きいお風呂に入ろうって決めてたんだ！」 ミミの一声もあり、新たに仲間に加わった望月芽心とメイクーモンを歓迎するために選ばれし子どもたちは近所の温泉テーマパークへ。楽しいひと時を過ごす一同だったが、そこに丈の姿はなかった。 大学受験という目の前にある現実と、「選ばれし子ども」であるという責任の間で煩悶する丈。 「なんでまた、僕達がやらなきゃならないんだ？」 そんな折、またしてもお台場に感染デジモンが現れる。それはあの誇り高きウィルス種、オーガモン― 暴走するその姿をTV局のヘリコプターが中継する中、立ち上がるミミとパルモン。 「いいデジモンもいるってことを、はっきり分からせてあげる！」 しかし、光子郎の制止を無視したミミとパルモンの戦いは、予想外の結果を招くのだった― それぞれに悩みを抱える丈とミミ。月島総合高校の文化祭当日、 そんな二人の前に、あの男が現れる― 今、再び 冒険が進化する―
メイクーモンが突如異変を起こし、レオモンを消滅させてゆがみの向こう側へその姿を消したことで、動揺を隠せない太一たち。「メイクーモンが感染したんだとしたら、原因を探りたい。何か兆候はなかったのか？感染したのはいったいいつなのか？」想像を超えた状況に直面しながらも、何か対策を取れないかと苦闘する光子郎。 しかし有効な手立てもなく、なんとか情報を得ようと芽心を問い詰めてしまう。「思い出して下さい。感染の理由を突き止めるには情報が必要です」うなだれ、何も答えることが出来ない芽心― 感染を防ぐために光子郎のオフィスに隔離されていたアグモンたちだったが、パタモンに感染の兆候が見え始める… 時を同じくしてアグモンたちは、ヒカリに宿った声を通してデジタルワールドに関する重大な秘密を告げられる。「時が…迫る…」 そして再び姿を現したメイクーモンとの戦いの中で、その「時」は訪れるのだった。明かされた秘密に苦悩する太一たち。それぞれの想いが交錯する中、彼らはある決意をする… 「いつかなんて待ってたら、あっという間に大人になっちまうよな」 今、再び 冒険が進化する―
メイクーモンの暴走、そして、起きてしまったリブート。苦悩する芽心を残し、太一たちはデジタルワールドへと向かった。再会したパートナーデジモンたちは、今までの記憶をすべてなくしている。それでも再び絆を築いていこうと、手を差し出す選ばれし子どもたちと、応えるデジモンたち。ところが、ピヨモンだけが、成長期に進化してもなお警戒心をあらわにする… 「だから昔のことなんて知らないってば！」 自分のことよりも先に他人を思いやる空の優しさに、かえって不信感を抱いたのだ。傷つき立ちつくす空に、太一とヤマトはかける言葉を見つけられない。デジタルワールドでこの先どうすべきか― 相談していた一同の前に、突如メイクーモンが姿を現し、そして消えた。なぜか元の記憶を残し、芽心を探し涙を浮かべさまよいながら― その姿を見て、子どもたちはメイクーモンを救うためにデジタルワールドを旅する決意を固める。だが、彼らの前に、ダークマスターズを従えたあの男が姿を現すのだった。その頃、現実世界の西島は、姫川が失踪したとの報せを受けていた。調査する彼は、姫川のこれまでの行動の裏に、ある目的が隠されていたことを突き止める。 それは、二人の運命を決定づけた過去の出来事へとつながっていた… 今、再び 冒険が進化する―
パートナーである望月芽心がゲンナイの姿をした謎の男に傷つけられるのを見て、メイクーモンは再び暴走をはじめる。 「お前は生まれてきてはいけなかった…」 現実世界へ消えたメイクーモンこそ、歪みそのもの。あまりに大きな力を持ち過ぎた、世界を壊す鍵― 西島大吾と望月博士のもとに現れたハックモンが、真相を明らかにしていく。 世界の調和を保とうとするホメオスタシス自身が、今や強大すぎる存在となったメイクーモンを危険とみなし、切り捨てようとしているのだと。 暴走するメイクーモンの出現により、現実世界崩壊へのカウントダウンがはじまる。いたる所で次々と異変が発生。歪みを通して現れたデジモンたちは、その時が来るのを待ちうける― 選ばれし子どもたちは、変調をきたしたデジタルワールドから疎外され、現実世界に戻ってきてからも、パートナーデジモンと共にいるがゆえに人々に追われる。一同が孤立無援となりながらも必死に打開策を探る中、ひとり思い悩み続ける芽心。あまりにも大きな荷を負い、打ちひしがれる彼女には、仲間やデジモンたちの声も届かない… そして、過酷な運命は、誰よりも真っすぐで繊細な魂を持つ八神ヒカリのもとにも迫っていた― 今、再び 冒険が進化する―
世界の崩壊がはじまった。 暴走するメイクーモンは、暗黒進化したテイルモンを吸収し、強大な力を持つオルディネモンに姿を変える。イグドラシルの思惑通り、現実世界がデジタルワールドに呑み込まれようとしているのだ。 絶望が迫りくる中、選ばれし子どもたちは懸命に前を向く。 太一のいない今、代わりになれるのはヤマトしかいない。 「世界を救うために、やるべきことがある！」ガブモンはヤマトを力づけ、アグモンは信じている、太一は必ず戻ってくると。 一方のホメオスタシスは、もはや手のつけられなくなったオルディネモンを処分するため、現実世界を巻き込む最終計画を実行に移そうとする。 何とか破滅を食い止めようと、子どもたちとパートナーデジモンは必死の戦いを続ける。 「すべての光はメイクーモンの中に…」 失意に沈むヒカリに届く、テイルモンの声。そして子どもたちに、最後の決断を下す時が訪れる。 選ばれし子どもたちが、自ら選んだ未来とは―？今、再び 冒険が進化する―
