ボディーガードや探偵を請け負う凄腕のスイーパー「シティーハンター」こと冴羽リョウ（山寺宏一）は、相棒の槇村香（沢城みゆき）と日々様々な仕事を受けている。ある日、掲示板に「XYZ」書かれた新しい依頼。その依頼人の男ドミニク・ルテリエ（土師孝也）からリョウと香は、仕事の話を聞く。それは、ルテリエの父が開発した＜香を匂った者を虜にする「キューピッドの香水」＞を悪の手から守ってほしい、という依頼だった。香水の効果を信用しないリョウは、香に香水を吹きかける。香が効果を試すため歩き出した瞬間、現場を爆風が襲う！リョウが一瞬の出来事に気をとられた隙に、「キューピッドの香水」はバイクに乗った男に奪われてしまう！！しかも、奪い去ったのは、リョウの旧友であり、元傭兵の海坊主（玄田哲章）だった……！？ 香水が悪の手に渡ってしまったら世界は大変なことに！タイムリミットは48時間。リョウと香は、時間内に香水を取り戻すことができるのか--！？ こうして、香の虜になる帽子の男・パンチョ（浪川大輔）、セレブ好きの男・スキッピー（多田野曜平）、リョウと槇村秀幸（田中秀幸）の友人・美人刑事の冴子（一龍斎春水）を巻き込んだ、シティーハンターの香水奪回作戦がはじまる----。
