19世紀のロンドン。生まれつき奇形で醜悪な外見により「エレファント・マン」として見世物小屋に立たされていた青年、ジョン・メリック（ジョン・ハート）。肥大した頭蓋骨は額から突き出、体の至るところに腫瘍があり、歪んだ唇からは明瞭な発音はされず、歩行も杖が無ければ困難という悲惨な状態だった。ある日、彼を見世物小屋で見かけた外科医、フレデリック・トリーブス（アンソニー・ホプキンス）は興味を覚え、研究したいという理由で持ち主のバイツ（フレディ・ジョーンズ）から引き取り、病院の屋根裏部屋で彼の様子を見ることになる。はじめは白痴だと思われていたジョンだったが、やがてトリーブスはジョンが聖書を熱心に読み、芸術を愛する美しい心の持ち主だということに気付く。当初は他人に対し怯えたような素振りを見せるジョンだったが、トリーブスや舞台女優のケンドール夫人（アン・バンクロフト）と接するうちに心を開いていく。
