ライトたちに託されたのは、世界を滅亡へと導く3つの“タワー”の破壊。最終目標であるワールドタワーへの道筋を開くために、まずはシェイドを撃破しながらガイアタワーとスカイタワーを無力化しなければならない。だが、ジェネシスカンパニーの立案した作戦に、シオンが真っ向から反対する。彼女が提案した、世界を、人類を、猫目町を救うための作戦――それは複数チームによるタワーの各個撃破とシャドバカレッジの防衛だった。そして、それぞれのデバイスに対シェイド用のシステムがインストールされ、いよいよ作戦が動き出す。そんな中、スバルは「セブンシャドウズに裏切り者がいる」というカグヤの忠告を明かし、一同に大きな衝撃が走る。
