その祈りがもたらすのは、救いか、破滅か――原因不明の激しい発作に苦しむ少年ヒジュン（ムン・ウジン）。“黒い修道女”と呼ばれるシスター・ユニア（ソン・ヘギョ）は、彼の症状が凶悪な“十二悪魔”の仕業だと主張し、悪魔祓いの実施を求める。しかし担当医のパク神父は「悪魔の憑依など存在せず、複数の精神疾患が重なったものにすぎない」と一蹴する。薬物治療も心理療法も効果を示さないまま、ヒジュンの症状は日に日に悪化。追い詰められたユニアは、自ら悪魔祓いの儀式を行う決断を下す。しかし、叙階を受けていない修道女による儀式は、教義が厳しく禁じる“信仰の禁忌”。それでも彼を救うため、ユニアはパク神父の弟子ミカエラ（チョン・ヨビン）を巻き込んで禁断の儀式へ踏み出すことに。その瞬間から、二人の周囲でも“説明のつかない何か”が静かに蠢き始める--。
