電波世界をめぐるロックマンの戦いは新たな展開へ！人類が現在の文明を築き上げる、はるか昔。地球には、高い科学力を持ち、電波を自在に操る力で世界を支配したムー文明が存在していた。頂点を極めたムーの超科学は究極の電波生命体を造りだすまでになった。だが、その電波生命体の力はあまりにも大きく、神として人々に君臨しようとするに至る。ムー人はその力を恐れ、究極の電波生命体をムー大陸とともに封印してしまう。こうしてムー文明は地球上から姿を消し、今では世界各地に伝説や神話、ＵＭＡ（未確認生命体）が残されるのみとなっていた。しかし、ＦＭ王ケフェウスが地球を訪れた時、その封印に綻びが生じる。目覚めかけた究極の電波生命体の影響でムーの電波生命体たちは活動を開始し、オーパーツ探索のため、世界各地で事件を起こし始めたのだ。オーパーツのひとつ、『ベルセルク』を手に入れた星河スバルとウォーロックは、ムーの古代文明をめぐる争いに巻き込まれていく。ロックマンの新たなる冒険が始まった！！
