高校一年生の冬、六合鴇時(りくごうときどき)は最先端技術を利用した次世代型博物館・大江戸幕末巡回展を訪れる。そこはCGとの合体により、特殊なゴーグルをかけることで幕末を体験できるテーマパークだった。ところが散策の途中、鴇時は突如現れた妖(あやかし)、鵺(ぬえ)に襲われ、江戸時代幕末に似てはいるが、人と妖が存在する異世界“あまつき”に飛ばされてしまう。鵺から鴇時を救ってくれた少女・朽葉(くちは)や、鴇時と同じく幕末巡回展を訪れていたにもかかわらず2年も前に飛ばされていた同級生・篠ノ女紺(しののめこん)と出会い、元の世界へ戻る方法を探す鴇時。その中で、“人”の側である姫巫女・銀朱(ぎんしゅ)や“妖”の側である梵天(ぼんてん)と出会い、鴇時は自らの使命を知ることになる。元の世界“彼岸”に帰るために“あまつき”の破壊者となるか、“あまつき”を守るためにその主となるか。鴇時が取る行動とはーー。
