現代の地球のどこか。今日もヤッターマン1号と２号は４つ揃うと願いが叶うといわれる伝説のドクロストーンを巡り、泥棒の神様ドクロベエ率いるドロンボー一味と週に一度死闘を繰り広げていた。考古学者の海江田博士もまたドクロストーンの魅力に虜になったひとりで、発見したドクロストーンのひとつを娘の翔子に託したまま行方不明になってしまう。その頃、世界では異変が起きはじめる。様々な場所から大事な物が次々と消えていくのだ。この異変にはドクロストーンが関係し、そのすべてが集まると、時間の流れが狂い、地球そのものが消えてしまうかもしれないのだ。その危機を察知したヤッターマンは、ドクロベエの計画を阻止するべく翔子と共にヤッターワンでドロンボー一味に立ち向かう！
